影片继续讲述快乐、勇敢、热爱和平的小摩尔们战胜邪恶，保卫家园的故事。一个梦想成为大英雄的小男孩摩乐乐（乔诗语配音）居然发现惊天秘密，神秘的海妖宝藏将几个孩子的命运联系在一起，在一切的背后，来自邪恶魔法师库拉（黄渤配音）的阴谋步步紧逼！几队人马，海妖的宝藏是他们共同的目标，可是目的却是各有不同，孩子们的梦想，RK（金锋配音）的心结，库拉的野心，忠于职守的瑞琪，穿越时空的友情与牺牲，所有的矛盾在海洋深处引爆，情节丝丝入扣，悬念迭起，我们摩尔小勇士们该何去何从……

摩尔庄园的天空树屋里，小鼹鼠摩乐乐（杨鸥 配音）和养父菩提大伯（夏磊 配音）过着平静的生活。由于一次误会，摩乐乐错失了出国旅行的好机会，负气伤心的乐乐，突然收到一张看似意外的火车票。接着，他召唤来了一